1990年获中国科学院工学博士学位。历任计算所课题组长、智能中心副总工、国家高性能计算机工程中心主任，计算所副所长。2006年起任深圳先进技术研究院院长，现为中国科学院计算技术研究所二级研究员。目前任《计算机研究与发展》杂志主编，南开大学兼职教授，中国数字图书馆工程建设专家顾问委员会委员，信息产业部国家十一五科技发展规划专家组成员，北京技术预见行动计划专家组成员，北京计算机学会常务理事，北京信息化协会副理事长，中科院青年创新联合会委员。近年主办并担任2007年全国高性能计算学术年会大会主席、GCC2008大会主席。

    樊建平研究员在高性能计算机及应用领域具有深厚研究基础，作为曙光系列高性能计算机的奠基人之一，先后主持和参加研制成功了曙光1号并行计算机、曙光天演服务器、曙光1000、曙光3000、曙光4000系列国产高性能计算机和服务器系统，为曙光计算机达到和保持国际先进水平作出了卓越的贡献。共完成国家863和攻关项目十几项，申请专利11项，已授权专利4项，专著1本，发表文章70余篇。历获中国科学院科技进步特等奖、国家科学技术进步一等奖、国家科学技术进步二等奖、中国科学院科技进步二等奖、北京市科技进步一等奖、中国青年科技奖、中国科学院优秀青年奖等殊誉，1993年起享受政府特殊津贴，先后被评为863计划先进个人，国家九五攻关计划先进个人，2007年入选“新世纪百千万人才工程”国家级人选。